Возможно все, в том числе и ошибка в диагностике. Вы не написали, каким методом был выявлен хламидиоз, иначе я смог бы ответить более точно. Кроме этого, при диагнозе хламидиоз лечение было проведено в недостаточном объеме. Возможно этим и обусловлено отсутствие видимого эффекта лечения. Сейчас необходимо выждать определенное время после окончания лечения, после чего пройти тщательную диагностику и постараться разобраться в ситуации.